Boa a tarde a todos!!
Antes de entrar na questão da diferença dos impostos, vejam só!!
Foi feito uma transferência de uma origem e um destino, filiais do mesmo titular, foi emita uma Nfe para o destino e esta Nfe está no Sefaz, correto? o material não chegou no destino, logo não entrou na filial, e nem a nfe ( fiscal ), você terá problema futuro com o fisco, pois, foi emitida uma nfe contra um CNPJ e este CNPJ não deu entrada esta nf...ok
Outro ponto, para regularizar esta situação, para voltar o transito para a origem, terá que ser feito uma baixa do transito voltando para a origem ( cópia do movimento se for o caso 642 ou 682, e emitir uma nfe de entrada anulando a nfe de saída, para que o fisco saiba que esta operação foi anulada.
espero ter sido um pouco claro....