Hola Juan,
Con la funcionalidad "copiar de" traer por defecto todo lo que hay en el pedido a la entrega, lo que entiendo es que en este proceso a veces los items de la entrega no corresponden a los mismos solicitados, ya sea en cantidad o en referencia y manipulan para hacer entregas parciales y en esto se equivocan; si es así, en mi opinión personal veo poco funcional que no les copie la información de las lineas como solicitas, ya que si es un documento con muchas lineas les tomaría mucho tiempo copiar una por una y ademas de agrandar tu problema les ocuparía mucho tiempo.
Te sugiero que hagas un SP transaction notification, que no permita entregar más de lo que hay en el pedido (Como las lineas del pedido se cierran a mediada que se completen cantidades en la entrega, se permitirían entregas parciales) ni de referencia distinta a la solicitada.
Saludos,
Iván Fernando Vanegas